De Raad van Bestuur:

• leidt de vereniging en vertegenwoordigt deze buiten rechte;
• heeft de volle bevoegdheid over alle handelingen van het management;
• draagt het dagelijks bestuur van de vereniging over aan de algemene directie;
• bepaalt de bevoegdheden van de algemene directie en voert controle uit op hun activiteiten;
• houdt jaarlijks een vijftal vergaderingen waarop beslissingen worden genomen over het beheer en de strategie van het instituut;
• heeft een Charter voor Goed Bestuur opgesteld en waakt over de toepassing ervan;
• telt 13 leden: zes afgevaardigden van de Vlaamse universiteiten, vier vertegenwoordigers van het bedrijfsleven en drie gemachtigden van de Vlaamse overheid.

Universiteiten

• Luc Moens (vicevoorzitter raad van bestuur),  Universiteit Gent
• Chris Van Geet, KU Leuven
• Gerard Govers, KU Leuven
• Katharina D'Herde, Universiteit Gent
• Ronny Blust, Universiteit Antwerpen
• Hugo Thienpont, Vrije Universiteit Brussel 

Industrie

• Ajit S. Shetty, voorzitter raad van bestuur
• Staf Van Reet, Viziphar Biosciences
• Griet Nuytinck​, Anacura 
• Leen Limbourg, Atoms & Art
• Koen Quaghebeur Globachem

Vlaamse overheid

• Dieter Deforce, hoofddocent UGent
• Bart De Moor, gewoon hoogleraar, KU Leuven - ESAT-SCD 

De vergaderingen van de raad van bestuur worden eveneens bijgewoond door

• twee regeringsafgevaardigden* (Stijn Rocher en Philippe Nys), aangesteld door de Vlaamse regering,
• de algemene directie van VIB: Christine Durinx en Jérôme Van Biervliet
• een vertegenwoordiger van de wetenschappelijke directie van de VIB-onderzoekscentra: Jan Steyaert (VUB)
• de secretaris van de raad van bestuur: Rik Audenaert (CFO)
• de operationeel directeur van VIB: Wim Goemaere (COO)

* De twee regeringsafgevaardigden – aangeduid door de Vlaamse overheid – wonen de bestuursvergaderingen bij, maar hebben enkel een raadgevende stem. De regeringsafgevaardigde voor financiën (Stijn Rocher) is verantwoordelijk voor de financiële controle van de activiteiten van de organisatie en de regeringsafgevaardigde voor wetenschap (Philippe Nys) ziet toe op de doelstellingen van de organisatie.