Microben zijn voortdurend in interactie met de gastheer die ze koloniseren. Die interactie is van cruciaal belang om te bepalen welke effecten de microben hebben op de gezondheid van de gastheer. Interacties tussen gastheer en microben variƫren sterk: sommigen zijn gunstig voor beide partijen, terwijl andere langdurige ziekten veroorzaken.